Gernikako Bakearen Museoa Fundazioaren logotipoa kolore berdean (Pantone 574 CVC) diseinatu da hondo zuriaren gainean, eta Arial normala eta letrakera lodi tartekatua tipografian; bake-kontzeptua prozesu gisa aurkezten du planteamendu fisiko garaikidean, eta, aldi berean, irudiak, eraikieragatik, Euskadi eta Gernika, Bakearen Hiria, gogoratzen dizkigu.

Kromatismo berdeak izadia, positibismoa eta hazkuntza ere gogoratzen dizkigu.